Os ninjas foram trancados na Prisão Kryptarium, onde estão cercados por alguns de seus antigos inimigos. Aqui eles descobrem que um misterioso Rei de Cristal está recrutando um conselho de inimigos malignos. Para descobrir a identidade desse novo inimigo, eles fogem da prisão e se tornam fugitivos. Quem é o Rei de Cristal? Por que ele está reunindo um conselho poderoso? Prepare-se para outra missão cheia de ação com os ninjas!