Na segunda temporada, As Tartarugas Ninja saem dos esgotos subterrâneos para a superfície da cidade de Nova Iorque.
2 - 1A Situação Mutante Oct. 12, 2013- 2 - 2Sigam o Líder Oct. 19, 2013
- 2 - 3Invasão dos Esquilanóides Nov. 02, 2013
- 2 - 4Homem Mutagênico à Solta Nov. 09, 2013
- 2 - 5Mikey com Acne Nov. 16, 2013
- 2 - 6Alvo: April O' Neil Nov. 23, 2013
- 2 - 7Cortar e Destruir Nov. 30, 2013
- 2 - 8A Conspiração Kraang Feb. 02, 2014
- 2 - 9O Bom, o mau e Casey Jones Feb. 09, 2014
- 2 - 10Fungus Enormus Feb. 16, 2014
- 2 - 11Cabeça de Metal Religado Feb. 23, 2014
- 2 - 12Sobre Ratos e Homens Mar. 02, 2014
- 2 - 13Minhocaos! - Parte 1 Mar. 14, 2014
- 2 - 14Minhocaos! - Parte 2 Mar. 14, 2014
- 2 - 15Labirintos e Mutantes Apr. 27, 2014
- 2 - 16A Mutação Solitária de Baxter Stockman May. 04, 2014
- 2 - 17Salamandarim May. 11, 2014
- 2 - 18A Ira do Garra de Tigre May. 18, 2014
- 2 - 19Cara de Pizza Jun. 08, 2014
- 2 - 20A Lenda do Kuro Kabuto Jun. 15, 2014
- 2 - 21Plano 10 Jun. 22, 2014
- 2 - 22A Vingança é Minha Jun. 29, 2014
- 2 - 23Uma Forma de Fantasma em Chinatown Sep. 12, 2014
- 2 - 24Na Dimensão X! Sep. 19, 2014
- 2 - 25A Invasão - Parte 1 Sep. 26, 2014
- 2 - 26A Invasão - Parte 2 Sep. 26, 2014
